Chap.10 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>能带态密度图汇总
¡Hola a todos! 本章介绍如何把能带态密度画在一起，也就是常见的能带图在左，态密度图垂直在右分布。这里需要调用的模块为BSDOSPlotter()。 代码如下： 123456789101112131415from pymatgen.electronic_structure.plotter import BSDOSPlotterfrom pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun# 读取dos计算vasprun.xml文件dos_vasprun = Vasprun("../ZrNiSn_primitive/dos/vasprun.xml")dos = dos_vasprun.complete_dos# 读取band计算vasprun.xml文件band_vasprun = Vasprun("../ZrNiSn_primitive/band/vasprun.xml")band = band_vasprun.get_band_structure(line_mode=True)#...
Chap.9 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>能带分析
¡Hola a todos! 本章介绍如何分析能带计算结果。 导出gap/CBM/VBM信息能带计算完后，直接读取vasprun.xml文件，可以最快的得到禁带宽度、CBM/VBM的数值，以及半导体种类（直接带隙/间接带隙）。代码如下： 123456789101112131415from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprunimport pandas as pd# 读vasprun.xml文件vasprun = Vasprun("../ZrNiSn_primitive/band/vasprun.xml")# 获取gap/vbm/cbmbandgap_dict = vasprun.get_band_structure().get_band_gap()vbm = vasprun.get_band_structure().get_vbm()["energy"]cbm =...
计算工具系列 —— Pyprocar库
¡Hola a todos! 最近学习了一下Pyprocar的用法，分享一下使用心得。 对于老司机这种天生反骨的打工人，每天想的都是怎么偷懒，但是又想保住份工，就只能在效率上面想办法了，总之就是： Be lazy, stay efficient, and enjoy your coffee break! 介绍[官网](PyProcar — PyProcar 6.1.10 documentation (romerogroup.github.io))： PyProcar is a robust, open-source Python library used for pre- and post-processing of the electronic structure data coming from DFT calculations. PyProcar provides a set of functions that manage data from the PROCAR format obtained from various DFT codes. Basically,...
Chap.8 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>能带计算
¡Hola a todos! 本章介绍如何计算能带结构，VASP计算流程代码如下： 下载结构结构优化自洽计算能带计算1234567891011from mp_api.client import MPResterapi_key = 'your key'with MPRester(api_key) as mpr: # 获取结构 structure = mpr.get_structure_by_material_id('mp-924129') # 转化成原胞 primtive_structure = structure.get_primitive_structure() # 保存结构 primtive_structure.to(filename='ZrNiSn_primitive.cif')123456789101112131415161718192021from pymatgen.io.vasp.sets import MPRelaxSetfrom...
Chap.7 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>态密度分析（2）
¡Hola a todos! 本章主要介绍态密度画图的两种的方法。 常规方法——Matplotlib上一章介绍了如何分析dos计算的结果，并根据需求把态密度轨道数据保存为csv文件。在此基础上常规绘图方法就是采用matpltolib库的pyplot模块。代码如下： 123456789101112131415161718192021222324from matplotlib import pyplot as pltimport pandas as pd# csv文件# 以Si的分轨道为例csv_file = './Si_sp_dos.csv'# 读取csv文件df = pd.read_csv(csv_file)# 取出需要的数据energy = df['Energy']s_orbital = df['Si_s']p_orbital = df['Si_p']# 画图plt.plot(energy, s_orbital, label='s')plt.plot(energy,...
Chap.6 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>态密度分析(1)
¡Hola a todos! 本章介绍如何使用pymatgen对态密度结果进行分析。 案例1：Si态密度先从一个简单的案例入手，了解下pymatgen怎么从VASP的计算结构中分析态密度数据。 下面是生成从结构优化到态密度计算的完整代码： 参考代码 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748from pymatgen.io.vasp.sets import MPRelaxSet, MPStaticSet, MPNonSCFSetfrom mp_api.client import MPResterapi_key = "your key"with MPRester(api_key) as mpr: struct = mpr.get_structure_by_material_id("mp-149") struct.to(filename="./SiPOSCAR") #...
Chap.5 计算小白硬学VASP —— 材料性质计算—>态密度
¡Hola a todos! 上一章我们主要分享了结构优化的输入文件的生成，以及自定义输入文件参数；本章简单介绍下，对于Bulk模型来说，各类性质计算的输入文章生成，以及参数设置要点。 简单自洽计算性质计算的前提是进行结构优化得到稳定的结构。对于不同的性质计算，计算的步骤往往需要多步进行，例如态密度计算，需要先进行自洽计算得到电荷、波函数文件，然后再进行一步非自洽计算。 首先介绍下普通的自洽计算，用于得到电荷、波函数文件。 调用MPStaticSet自洽计算的输入文件生成可以调用MPStaticSet模块，以Si为例，默认生成输入文件如下： 1234567891011from pymatgen.io.vasp.sets import MPStaticSetstatic = MPStaticSet.from_prev_calc( # 上一步优化的文件夹 prev_calc_dir='./relax', ...
Chap.4 计算小白硬学VASP —— MPRelaxSet用法
¡Hola a todos! VASP计算运行流程简单示意图： flowchart LR input vasp(vasp) converged(converged) raw_data(raw_data) subgraph prep_input 1([INCAR])-->input 2([KPOINTS])-->input 3([POSCAR])-->input 4([POTCAR])-->input 5([sub_job.script])-->input end input-->vasp subgraph vasp_black_box vasp---relax([relax])-->converged vasp---scf_calc([scf_calc])-->converged vasp---nonscf_calc([nonscf_calc])-->converged ...
Chap.3 计算小白硬学VASP —— 学会使用Materials Project
¡Hola a todos! 很遗憾的告诉各位，本章还没有开始涉及到VASP的计算。 Why???? 根据老司机以往的使用经验，做计算最关键的不是了解各种输入参数的意义，不是高超的编程能力，不是各种计算流程信手拈来，而是一个靠谱的结构。往往一个靠谱的结构，你的计算就已经成功了90%，这么说一点也不为过。一个“垃圾”结构，你往往算了几天、一周、一个月，得到的结果都不见得令人满意。 如何得到一个靠谱的结构，或者说到哪里去找一个靠谱的结构，这里不得不介绍一下本期嘉宾——Materials Project网站（下面简称MP）。截至到今天，MP提供了超过15万个无机化合物的结构信息以及性质，其中有实验已经发现的材料，也有纯计算预测的新材料。每一种化合物的计算源文件都可以免费下载本地，特别适合小白们自学VASP。 当然，最重要的一点是，免费！免费！免费！Free~~~~~~~ 你只需要邮箱登录后就可以尽情使用 登录后进入主页，开始今天的MP学习之旅。 Materials Project网页端材料检索MP上面材料的检索方式有三种: Only Elements:...
Chap.2 计算小白硬学VASP —— 前期准备
¡Hola a todos! 今天正式进入本系列内容，首先介绍下如何配置pymatgen相关环境，本章如果能全程跟下来且最后配置成功，那么恭喜你，该系列的核心内容已经完成了50%。 首先你需要一台已经编译好VASP的个人工作站或者使用已经编译了VASP的超算中心；有头铁的大哥想用自己的笔记本电脑也行，也请提前准备好虚拟环境编译好VASP。 然后开始配置pymatgen相关环境，官网的安装教程已经相对详细了。但是考虑到本系列是“计算小白硬学VASP”，主打的就是我奶奶看了都会提交VASP任务，这里我就手把手，step by step...
